石龙子科Scincidae:蜥蜴中的最大一科,包括蜥蜴中约1/3的种类,四肢健全或退化 。分布遍及世界各地,但在亚洲南部和大洋洲种类最多,而欧洲 , 亚洲北部和美洲种类较少 。
蛇蜥亚目Anguimorpha:现存种类不多,具有一些与蛇接近的特征,有可能是蛇类的祖先类型,有人将其与石龙子亚目合并,也有人将其进一步划分成两个亚目 。蛇蜥亚目包括现存唯一有毒的蜥蜴,现存最大的蜥蜴和生活于海洋中的史前最大的蜥蜴-沧龙 。
蛇蜥科Anguidae:包括新大陆的一些有足的蜥蜴和新旧大陆共有的无足蜥蜴,其中有些北美洲的无足蜥蜴有时被单列为蠕蜥科 。
异蜥科Xenosauridae:包括北美洲的3种异蜥和我国的鳄蜥,二者也常列为不同的科 。
毒蜥科Helodermatidae:包括北美洲的两种毒蜥,现存仅有的有毒蜥蜴 。
婆罗蜥科Lanthanotidae:又称拟毒蜥科,仅以婆罗洲的拟毒蜥为代表 。
巨蜥科Varanidae:包括现存体型最大的蜥蜴,但也有些小型种类,主要分布于大洋洲 , 也见于非洲和亚洲热带地区 。
蚓蜥目Amphisbaeniformes:穴居的神秘的爬行动物,以前曾并入蜥蜴类,分布于南美洲、非洲以及邻近地区,多数无足 , 少数有前肢,可分为1~5科,其中1/3的种仅从单一的标本得知 。
蚓蜥科Amphisbaenidae:蚓蜥目最大的1科,包括蚓蜥目绝大多数成员,并可见于蚓蜥目的全部分布区,有人将所有蚓蜥并入本科,也有人将其的部分成员单分出1~2科 。
短头蚓蜥科Trogonophidae:分布于非洲北部、东北部和中东地区的小科,身体横截面为三角形 。
双足蚓蜥科Bipedidae:分布于墨西哥西北部,蚓蜥目唯一保留有小的前肢的成员 。
蛇目Serpentiformes:数量仅次于蜥蜴的爬行动物第二大类群 , 其分布甚至比蜥蜴更广泛,除了各种陆地环境外 , 还遍及印度-太平洋的温暖海域 。
盲蛇亚目Scolecophidia:穴居的小型原始蛇类,分布于世界各温暖地区 。
盲蛇科Typhlopidae:盲蛇亚目种类最多、分布最广的一科,主要分布于非洲、亚洲南部和大洋洲,少数分布于中美洲 。
异盾盲蛇科Anomalepidae:分布于中南美洲的小科,包括一些体型最小的蛇 。
细盲蛇科Leptotyphlopidae:分布于美洲、非洲、阿拉伯和印度 , 体型比盲蛇纤细,包括一些体型最小的蛇 。
原蛇亚目Henophidia:大中型的原始蛇类,多分布于热带地区,集中分布在亚洲南部到大洋洲一带,种类不多,有些类群分类争议较大 。
蟒蛇科Boidae:包括现存最大的蛇类,但多数种类没有那样大,有后肢残余,分为蟒和蚺两大类,分布广泛 。
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