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不同的分类方式会略有不同，一般分为:
产肠毒素性大肠杆菌(ETEC)
致病性大肠埃希氏菌(EPEC)
侵袭性大肠杆菌(EIEC)
肠产毒性大肠杆菌(ETEC)
肠出血性大肠杆菌(EHEC)
鉴定多数是用血清凝集的方式来分类（也有诸如基因分型等其他方法） ， 将样品接种在培养基上，长出菌落后分别对可疑菌落进行血清凝集试验以判断是否为致病性大肠埃希菌 。
大肠埃希菌，俗名大肠杆菌（ 革兰氏阴性短杆菌），周身鞭毛，能运动，无芽 。是人和动物肠道中的正常栖居菌 。大肠埃希菌的致病物质之一是血浆凝固酶 。
根据致病性的不同，致泻性大肠埃希菌被分为产肠毒素性大肠埃希菌、肠道侵袭性大肠埃希菌、肠道致病性大肠埃希菌、肠集聚性黏附性大肠埃希菌和肠出血性大肠埃希菌5种 。部分埃希菌菌株与婴儿腹泻有关，并可引起成人腹泻或食物中毒的暴发 。
肠出血性大肠埃希菌O157:H7是导致1996年日本食物中毒暴发的罪魁祸首，它是出血性大肠埃希菌中的致病性血清型，主要侵犯小肠远端和结肠 。常见中毒食品为各类熟肉制品、冷荤、牛肉、生牛奶，其次为蛋及蛋制品、乳酪及蔬菜、水果、饮料等食品 。
中毒原因主要是受污染的食品食用前未经彻底加热 。中毒多发生在3、9月 。
大肠杆菌是一种普通的原核生物，属于革兰氏阴性细菌 。根据不同的生物学特性将致病性大肠杆菌分为6类 。
1、肠致病性大肠杆菌，简称EPEC；
2、肠产毒性大肠杆菌，简称ETEC；
3、肠侵袭性大肠杆菌 ， 简称EIEC；
4、肠出血性大肠杆菌，简称EHEC；
5、肠黏附性大肠杆菌，简称EAEC；
6、弥散粘附性大肠杆菌 ， 简称DAEC 。
如果食品的菌落总数严重超标，说明其产品的卫生状况达不到基本的卫生要求，将会破坏食品的营养成分，加速食品的腐败变质 ， 使食品失去食用价值 。消费者食用微生物超标严重的食品，很容易患痢疾等肠道疾病，可能引起呕吐、腹泻等症状 ， 危害人体健康安全 。而大肠菌群超标，也同样会引起腹泻、肠胃感染等 。
造成食品中的大肠菌群超标的主要原因是二次污染，大肠菌群数的高低，表明了粪便污染的程度 ， 也反映了对人体健康危害据性的大小，所以导致大肠菌群超标的主要原因是二次污染 。如加工器具没有定期清洗消毒，操作人员在上完卫生间后洗手不彻底 ， 个人卫生状况未达标，直接影响最终产品的卫生状况 。
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